Nació el 14 de septiembre de 1769 en Berlín, hijo de Alexander Georg von Humboldt, un oficial del ejército y de Marie Elizabeth von Hollwege.
Recibió educación en el castillo de Tegel, del actual distrito de Reinickendorf, se formó intelectualmente en Berlín, Fráncfort del Oder y Gotinga. Durante su adolescencia deseaba dedicarse a la carrera militar, pero su familia lo alejó de esta inclinación. Realizó su primer viaje formativo en la primavera de 1790 y lo llevó hasta Inglaterra, con lo que empezó a soñar con navegar a otros continentes.
El regreso a su país lo hizo en el marco de la Revolución francesa, lo que contribuyó al fortalecimiento de sus ideas liberales.
Viajó a París y planeó un viaje por África. Sin embargo, este proyecto se vio truncado, por lo que decidió partir a explorar América del Sur y Centro América .
Humboldt terminó sus viajes por América con una visita a Estados Unidos, donde fue huésped del presidente Thomas Jefferson, un aficionado de los estudios geográficos, en especial sobre la Nueva España.
Finalmente en París conoció a Simón Bolívar, quien solía decir que Humboldt era "el descubridor científico del Nuevo Mundo, cuyo estudio ha dado a América algo mejor que todos los conquistadores juntos".
Humboldt conoció en París en 1818 al joven científico Mariano Eduardo de Rivero y Ustariz, de quien fue años después su gran amigo y mentor, como fue del ecuatoriano Montúfar, quien volvió al Ecuador a luchar por la independencia de su patria.
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